Τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών που προσφέρει ή στα οποία συμμετέχει το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι τα ακόλουθα:

Προγράμματα Πλήρους Φοίτησης

• Διοίκηση Υπηρεσιών
• Διοίκηση Επιχειρήσεων - MBA (Master in Business Administration) (Σε συνεργασία με το Τμήμα Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας)
• Διοικητικής των Επιχειρήσεων με Διεθνή Προσανατολισμό (Master in Business Administration International - MBA International) (Σε συνεργασία με τα Τμήματα Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας, Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής και Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας)
  
  

Προγράμματα Μερικής Φοίτησης

• Διοίκηση Υπηρεσιών
• Διοίκησης Επιχειρήσεων Μερικής Φοίτησης  (MBA Part Time) (Σε συνεργασία με το Τμήμα Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας)
• Διοίκησης για Στελέχη Επιχειρήσεων (Executive MBA) (Σε συνεργασία με τα Τμήματα Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας, Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής και Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας) 
• Διοικητικής των Επιχειρήσεων με Διεθνή Προσανατολισμό (Master in Business Administration International - MBA International) (Σε συνεργασία με τα Τμήματα Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας, Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής και Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας)
• Διοίκησης Επιχειρήσεων (Athens MBA) (Σε συνεργασία με τα Τμήματα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής, Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας και Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών του Ε.Μ.Π.)

Όλα τα προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών διέπονται από τον Κανονισμό λειτουργίας Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών, ο οποίος έχει συνταχθεί σύμφωνα με το Θεσμικό Πλαίσιο για τις μεταπτυχιακές σπουδές (Νόμος 3685, 16 Ιουλίου 2008).